物理阻塞是形成鋼絲網骨架PE管阻塞的主要原因。水質差，過濾體系不完善，沙子等雜物被吸入管道后，這些雜物會阻塞流道，使滴灌頭在通過嵌入式滴灌頭鋸齒狀流道時無法出水。

       生物阻塞是指作物根系侵入滴灌孔或灌溉水中藻類和其他微生物生長形成的阻塞。假如灌溉水含有藻類等生物，鋼絲網骨架PE管體系往往與上肥灌溉相結合，肥料池等光保護設備不到位，簡單形成很多微生物繁衍，掩蓋并阻塞管道內壁。作物根系的含水和不平衡灌溉會導致根系生長到滴灌的出水口，然后延伸到出水口，形成阻塞。

       泥沙阻塞主要由化肥和降水形成。一、滴灌后留在鋼絲網骨架PE管中的一些肥料會沉積，阻塞滴灌頭流道。二、假如水是碳酸鹽含量高的硬水，長期運用會在滴灌管內壁發生更多水垢，阻塞滴灌頭。此外，管道自身對灌溉水質要求較高，如體系規劃缺點或運用不當，簡單形成管道體系阻塞，需要引起重視。